提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
澳门特区政府暂停22项对外公共服务安排******
中新社澳门12月27日电 (记者李亚南)澳门特区政府行政公职局27日发布消息称,因应新冠疫情的最新发展,特区政府将于28日至30日期间暂停22项对外公共服务。特区政府呼吁市民尽量利用电子方式申请公共服务。
澳门新型冠状病毒感染应变协调中心发布的最新数据显示,澳门26日新增74名新冠病毒确诊患者入住卫生局的隔离治疗设施,此外,当日有7人因新型冠状病毒感染离世。
澳门特区政府行政公职局27日称,因应新冠疫情的最新发展和人员安排,特区政府将于28日至30日期间暂停22项对外公共服务,包括市政狗房门诊和手术服务、氹仔嘉模药物治疗中心美沙酮服务、卫生局专科门诊服务和急诊探病,以及各卫生中心的护理服务等。
澳门特区政府卫生局27日表示,过去24小时仍有400多趟救护车运送病人至仁伯爵综合医院急诊部,需要入院的病人不断增加。在人员及设施配置上,卫生局暂停非紧急或非必要的医疗服务,整体调配医疗资源投入新冠患者救治。在隔离治疗病床方面,通过合并部分住院人数较少的部门,设立更多隔离病房,仁伯爵综合医院隔离治疗病床增至300张,目前医院级别隔离治疗病床总数接近700张。
此外,卫生局持续检视病人救治分流情况,除增加社区门诊的服务点,把病情较轻的病患分流至社区治疗中心和隔离治疗酒店,也会因应情况适时调整仁伯爵综合医院急诊部病人分流及收治安排,最大程度地减轻医院急诊的压力,让医护人员集中力量救治重症病人。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)